1958年学校建校初期设立文书档案室，1990年5月文书档案室和科技档案室合并成立综合档案室，隶属于院长办公室。2005年10月，综合档案室独立为档案馆。2006年9月，档案馆更名为档案（校史）馆。档案（校史）馆现为档案馆、校史馆、赤脚医生博物馆三馆合一的综合性档案管理及展览展示部门。
一、档案馆
档案馆遵循“为党管档、为国守史、为民服务”的崇高宗旨，充分发挥档案在学校“存史、资政、育人”等方面的重要作用，服务于学校中心工作，服务于广大师生、校友和社会。档案馆是永久保存学校各类档案（人事档案除外）的安全基地、面向校内外的档案利用服务中心、对全校档案进行业务指导、监督与检查中心。馆藏档案包括徐州医科大学、徐州卫生学校2个全宗。全馆档案按照《高等学校档案管理办法》、《高等学校档案实体分类法》，分为党政、教学、科研、产品生产和科技开发、基建、设备、出版、外事、财会、声像、业务考绩、人物、实物、亡故档案共14个门类。档案内容丰富，门类齐全，载体多样，能够满足各方面利用档案的需求。
二、校史馆
校史馆始建于2008年，2018年完成重建工作，2023年完成更新。校史馆占地面积约700平方米，校史馆展陈内容分为“历史沿革”和“今日徐医大”两部分，以档案史料结合实物、历史照片、影音资料等各种方式，将历史氛围和现代科技融为一体。展陈有早期教案、教具、教材、学习笔记、荣誉证书、奖牌、奖杯等各类实物500余件，全面、生动地反映了学校建校六十余年来的办学历程。
徐州医科大学校史馆是记录学校历史、激发爱校情怀、凝聚发展共识、启迪智慧的重要基地，在学校精神传承和校园文化建设中发挥了重要作用。
三、赤脚医生博物馆
为了纪念赤脚医生的贡献，弘扬中国医学精神，徐州医科大学走遍全国，历经艰辛，广泛征集文物史料，于2020年建成国内第一家赤脚医生博物馆。目前，收有藏品1681件，涵盖赤脚医生工作生活的全部过程，具体包括方针政策、合作医疗、卫生防疫、救护治病、制药采药、培训教育、劳动用具等等。赤脚医生第一人王桂珍、合作医疗之父覃祥官、农村卫生事业三大法宝守护人张自宽等人捐赠的珍贵藏品书写了赤脚医生在中国卫生史、世界卫生史上的重要一页。
赤脚医生博物馆以赤脚医生发展史为轴，以实物为笔，以史料为墨，从赤脚医生、合作医疗、农村三级医疗预防保健网三个层面，展现了中国基层医疗卫生事业的发展变迁；讴歌了“扎根大地、痌瘝在抱、佑护寒黎、医心赤诚”的赤医精神；在世界面前彰显了习近平总书记提出的“敬佑生命、救死扶伤、甘于奉献、大爱无疆”的中国医学精神。
学校以赤脚医生博物馆为载体，充分挖掘博物馆蕴含的丰富教育资源，深入开展“党建+”联学联建活动，形成了“江苏省卫生健康系统医德医风教育基地”、“江苏省高校统一战线同心教育实践基地”、“徐州市爱国主义教育基地”等七位一体的育人服务大平台。
镌刻历史，唯修斯馆，期寄赤脚医生博物馆能够搭建世界基层卫生健康事业的交流发展平台，把“赤脚医生精神”和“中国模式”传扬光大！
